אל האני אלרגיות לשוקולד אפשריים גם אם כן Rares. התופעה האלרגית במקרה זה מגיעה מהחלבונים של הקקאו. האדם האלרגי הצורך אותו חווה אז קשיי נשימה, סובל מכאבי ראש, פריחות, טכיקרדיה, גירוד ותחושת צריבה בבטן.

ניתן להבחין בסימפטומים אלה גם אצל אנשים אלרגיים ליסודות המרכיבים שוקולד (אגוזים, חלבוני חלב וכו '..), למרות שהם לא ממש אלרגיים לקקאו כשלעצמו.