תדירות זיהום השמרים עלתה בהתמדה בעשורים האחרונים. יש לומר כי אלה מועדפים על ידי נטילת אנטיביוטיקה, טיפולים בקורטיקוסטרואידים או דיכוי חיסוני (ניתן למשל במקרה של השתלה או סרטן מסוים), והם נמצאים לעתים קרובות אצל אנשים הסובלים ממחסור חיסוני (במיוחד אצל אלה הנגועים ב- HIV או סובל מאיידס).

עם זאת, מעט מחקרים קיימים לאיתור השכיחות של זיהומים פטרייתיים באוכלוסייה הכללית.

אולם בצרפת אנו יודעים כי מה שנקרא זיהומים פטרייתיים פולשניים (חמורים, בהגדרה) משפיעים בממוצע על 3 אנשים המאושפזים בכל שנה בבית החולים וכי לפחות שליש מהם מתים.⁴.

כך, לפי העלון האפידמיולוגי השבועי מאפריל 2013⁴, "התמותה הכוללת של 30 יום של חולים עם קנדידמיה היא עדיין 41%, ובאספרגילוזיס פולשני, התמותה למשך 3 חודשים נשארת מעל 45%. "

יש לציין כי האבחנה של זיהומים פטרייתיים פולשניים נותרה קשה, בשל היעדר בדיקות אבחון יעילות ואמינות.