מכיוון שקדחת השנית נגרמת כתוצאה מזיהום חיידקי, הדרך הטובה ביותר למנוע את המחלה היא לבצע אמצעי היגיינה בסיסיים.

אמצעי היגיינה קפדניים יכולים לסייע בהגנה מפני רוב הזיהומים, כגון קדחת ארגמן.

שטיפת ידיים. שטפו את ידיכם בסבון, במיוחד לאחר מגע עם אדם נגוע או לאחר נגיעה בחפץ המטופל על ידי אדם נגוע. שטפו את ידיהם של ילדים צעירים לעתים קרובות. למד ילדים לשטוף את הידיים בעצמם בהקדם האפשרי, במיוחד לאחר שהם משתעלים, מתעטשים או נושפים באף.

השימוש במטפחת. למד ילדים להשתעל או להתעטש במרקם.

להשתעל או להתעטש בתוך נוכל המרפק. למד ילדים להשתעל או להתעטש לתוך נוכל המרפק ולא את היד.

חיטוי משטחי העברה. נקו צעצועים, ברזים וידיות דלתות היטב, רצוי בעזרת חומר ניקוי המכיל אלכוהול.