מכיוון שידוע מעט על הסיבות לתסמונת המעי הרגיז, אין דרך למנוע את התרחשותה.

שינויים תזונתיים וניהול טוב יותר של לחץ עשוי להפחית אי נוחות (ראה סעיף טיפולים רפואיים).