למרבה הצער, למערכת הבדיקות הנוכחית יש בעיות רציניות. חלק מהנושאים הללו ידועים זה מכבר, כמו שבדיקות יקרות מאוד או שהן פוגעות או הורגות חיות רבות. בנוסף, בעיה גדולה היא שהבדיקות לא עובדות כמו שהמדענים היו רוצים.
כאשר מדענים חוקרים חומר כימי, הם מנסים להבין אם זה בטוח לאדם להיחשף לכמות קטנה של החומר הנבדק במשך שנים רבות. מדענים מנסים לענות על שאלת הבטיחות של חשיפה ארוכת טווח לכמות קטנה של חומר. אבל חקר השפעות ארוכות טווח בבעלי חיים הוא קשה מכיוון שרוב בעלי החיים אינם חיים זמן רב, ומדענים רוצים מידע הרבה יותר מהר מאשר תוחלת החיים הטבעית של בעל חיים. אז מדענים חושפים בעלי חיים למינונים גבוהים בהרבה של כימיקלים - המינון העליון בניסויים מראה בדרך כלל כמה סימנים של מנת יתר.
למעשה, חוקרים יכולים להשתמש בריכוזים של הכימיקל הגבוהים פי אלפי מונים ממה שכל אדם יחווה בשימוש בפועל. הבעיה היא שבגישה זו, ההשפעה לא מופיעה מהר יותר אלפי פעמים. כל מה שאתה יכול ללמוד מניסויים במינון גבוה הוא מה יכול לקרות במצבי מנת יתר.
בעיה נוספת בניסויים בבעלי חיים היא שבני אדם אינם רק חולדות ענק, עכברים, ארנבות או חיות ניסוי אחרות. בטח, יש כמה קווי דמיון מרכזיים בביולוגיה בסיסית, בתאים ובמערכות האיברים, אבל יש גם הבדלים שעושים הבדל גדול.
ארבעה גורמים עיקריים עוזרים לקבוע כיצד חשיפה כימית משפיעה על בעל חיים: כיצד החומר הכימי נספג, מופץ בכל הגוף, עובר חילוף חומרים ומופרש. תהליכים אלה יכולים להשתנות במידה ניכרת בין המינים, ולעתים מובילים להבדלים קריטיים בהשפעות של חשיפה כימית.
חוקרים מנסים להשתמש בבעלי חיים הקרובים לבני אדם. אם הם מודאגים מהשפעות אפשריות על הלב, הם עשויים להשתמש בכלב או בחזיר - מכיוון שמערכות הדם של בעלי חיים אלה דומות יותר לבני אדם מאשר של בעלי חיים אחרים. אם הם מודאגים ממערכת העצבים, הם עשויים להשתמש בחתולים או בקופים. אבל אפילו עם התאמה טובה יחסית, הבדלים בין מינים יכולים להקשות על תרגום תוצאות אנושיות. הבדלים קטנים בביולוגיה יכולים לעשות הבדל גדול. לדוגמה, בחולדות, עכברים וארנבות, העור סופג במהירות כימיקלים - הרבה יותר מהר מעור האדם. לפיכך, בדיקות באמצעות בעלי חיים אלו עלולים להעריך יתר על המידה את הסכנות של כימיקלים הנספגים דרך העור.
לפי נתוני מינהל המזון והתרופות האמריקני, יותר מ-90% מהתרכובות החדשות המבטיחות נכשלות בבדיקות בבני אדם, בין אם בגלל שהתרכובות לא עובדות או בגלל שהן גורמות ליותר מדי תופעות לוואי. עם זאת, כל אחת מהתרכובות הללו נוסתה בעבר בהצלחה בניסויים רבים בבעלי חיים.
ניסויים בבעלי חיים גוזלים זמן ויקרים. זה לוקח בערך 10 שנים ו-3,000,000 דולר כדי להשלים את כל המחקרים בבעלי חיים הנדרשים כדי לרשום חומר הדברה אחד בסוכנות להגנת הסביבה האמריקאית. ובדיקות עבור מרכיב הדברה יחיד זה יהרגו עד 10 בעלי חיים - עכברים, חולדות, ארנבות, שפני ניסיונות וכלבים. ישנם עשרות אלפי כימיקלים הממתינים לניסויים ברחבי העולם, ובדיקת כל אחד מהם יכולה לעלות מיליוני דולרים, שנות עבודה ואלפי חיי בעלי חיים. עם זאת, בדיקות אלו אינן ערובה לבטיחות. כפי שהזכרנו לעיל, פחות מ-000% מהתרופות החדשות הפוטנציאליות עוברות בהצלחה ניסויים בבני אדם. לפי מאמר במגזין "פורבס", חברות תרופות מוציאות בממוצע 10 מיליארד דולר כדי לפתח תרופה חדשה. אם התרופה לא עובדת, חברות פשוט מפסידות כסף.
בעוד תעשיות רבות ממשיכות להסתמך על ניסויים בבעלי חיים, יצרנים רבים עומדים בפני חוקים חדשים האוסרים על ניסוי חומרים מסוימים על בעלי חיים. האיחוד האירופי, הודו, ישראל, סאו פאולו, ברזיל, דרום קוריאה, ניו זילנד וטורקיה אימצו הגבלות על ניסויים בבעלי חיים ו/או הגבלות על מכירת מוצרי קוסמטיקה שנבדקו. בריטניה אסרה מחוץ לחוק ניסויים בבעלי חיים בכימיקלים ביתיים (למשל מוצרי ניקוי וכביסה, מטהרי אוויר). בעתיד, מדינות נוספות יאמצו את האיסורים הללו מכיוון שיותר ויותר אנשים מתנגדים לניסויים כימיים בבעלי חיים.