ניתן לאחסן פטריות קפואות בבטחה כל השנה מבלי לאבד את התכונות התזונתיות שלהן. עדיף לקצור כובעי פטריות בצורה כזו, אך מומלץ להסיר את הרגליים.
צריך לזכור שלא כל סוגי הפטריות סובלים הקפאה באותה מידה. מתאים לה, למשל, פטריות בולטוס ובולטוס, פטריות (יותר מכך, גם טריות וגם מבושלות) ופטריות. יש להרתיח זנים אחרים של פטריות לפני ההקפאה. אחרת, הם רוכשים טעם מר לא נעים.
הקפאת פטריות היא דרך נוחה וחסכונית מאוד לאחסן פטריות - הרי שקיות ניילון עם פטריות תופסות מינימום מקום במקפיא. אפשר להוסיף פטריות כאלה במידת הצורך למנות שונות: סלטים וצלי, תבשילים ומרקים.